Ces différents fonds, reclassés par Pigallet en 1934, sont répartis en 11 sous-séries.

Cette série regroupe les archives des établissements d'enseignement d'Ancien Régime, universités et collèges, de l'ensemble de la Franche-Comté.

Les Archives du Doubs conservent essentiellement des dossiers d'affaires de gestion des biens, principalement pour les universités de Dole et de Besançon, et les collèges de l'ensemble de la Franche-Comté (XIIIIème XVIIIème siècles).

A noter que l'ensemble du fonds des Jésuites est classé dans cette série D et n'apparaît donc pas en série H (Ordres et congrégations).

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