La Maison de la charité a été créée en 1685 pour secourir les indigents durant la construction de l’hôpital Saint-Jacques. A partir de 1701, il est décidé d’y recevoir exclusivement des enfants des deux sexes issus de familles nécessiteuses. L’établissement est annexé à l’hôpital Saint-Jacques en 1703. Les enfants sont reçus à l’âge de 8 à 9 ans pour six années. En l’an VI, l’hôpital du Saint-Esprit étant réuni à l’hôpital Saint-Jacques, les enfants assistés rejoignent ceux de la Charité. A la suite d’un incendie en 1840, les garçons sont installés durant plusieurs décennies dans un immeuble loué à l’hôpital par les Missionnaires d’Ecole. Neuf hectares de terres, prés et jardins permettent la création d’une colonie agricole. Le bail est dénoncé par les Missionnaires en septembre 1897. L’hôpital acquiert alors une vaste maison et cinq hectares de terrains à Châteaufarine dans la banlieue de Besançon. Cet établissement est officiellement fermé le 24 janvier 1908.

Colonie d’Ecole : notice sur la Maison de la charité de 1685 à 1890 (1890) ; projet d’acquisition d’un terrain à la Grette pour rapprocher la colonie de l’hôpital : délibération de la commission administrative (1897). Colonie de Châteaufarine, problèmes de discipline et conflit entre la directrice et l’institutrice : convocation des garçons à l’hôtel de ville de Besançon, rapport, liste des élèves de la colonie, lettre de l’institutrice (1907) ; fermeture de la colonie, recherches d’un établissement d’accueil pour les vingt garçons restants : correspondance (1907-1908).