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L'inventaire de la série V rédigé par Maurice Pigallet et publié en 1910 ne comprenait que six articles concernant les congrégations religieuses : un pour les congrégations masculines (37V) et cinq pour les congrégations féminines (38V). Quatre autres articles furent rajoutés après les années 1930. L'analyse de l'ensemble était très sommaire et ne rendait pas compte du contenu réel des liasses.

Le classement a donc été totalement repris. La répartition en deux sous-séries distinctes des congrégations masculines et féminines a été abandonnée car non réglementaire et ne prenant pas en compte les documents généraux. Les archives donc été toutes réunies en une seule « sous-série » (37V) et divisées en trois parties :

• Documents généraux : d'une manière générale, lorsque cela a été possible, les archives ont été regroupées par congrégation et par établissement (voir 37V13-76). Sont réunis dans cette partie les documents communs à plusieurs, voire à toutes les congrégations. Ils sont organisés en suivant chronologiquement l'application de la législation concernant les congrégations religieuses.
• Congrégations masculines : elles ont été regroupées selon leurs buts. Sont donc distinguées les congrégations enseignantes (cinq), celle vouée à la prière et au travail manuel (une seule), celles enfin constituées de prédicateurs et de missionnaires (cinq).
• Congrégations féminines : elles ont été également regroupées selon leurs buts. Sont donc distinguées les congrégations enseignantes et / ou dédiées aux soins des malades (quinze), celles vouées au redressement moral et à la réhabilitation (trois) et enfin celles purement contemplatives (une seule). Le regroupement des congrégations féminines vouées à l'enseignement et au soin des malades au sein d'une même partie s'explique par le fait que bien souvent les unes et les autres assuraient cette double fonction. C'est particulièrement le cas des Sœurs de la Charité. Quant aux Sœurs hospitalières de Saint-Jacques, elles ne se contentaient pas de soigner les pauvres malades mais elles dispensaient également un enseignement primaire et ménager au sein de leurs établissements. Ces congrégations vouées aux soins des miséreux avaient compris que la lutte contre la pauvreté passait par l'instruction de la jeunesse. Enfin certaines sœurs de congrégations purement enseignantes se reconvertirent comme garde-malades après la loi de 1904 ; ce fut le cas des Visitandines. Il est à signaler que plusieurs congrégations féminines ont ou ont eu leur maison-mère dans le Doubs : les Sœurs hospitalières de Saint-Jacques (Besançon), les Sœurs de la Charité (Besançon), les Sœurs de la Sainte-Famille (Besançon), les Sœurs de la Retraite chrétienne (Les Fontenelles), les Sœurs du Saint-Nom de Jésus et de Marie (Grandfontaine puis Montferrand). Les Sœurs hospitalières de Saint-Jacques, les Sœurs de la Charité et les Sœurs de la Sainte-Famille essaimèrent largement dans d'autres départements, ce qui explique la présence dans les archives les concernant de nombreux documents ayant trait à des établissements situés hors du département du Doubs.

Cet inventaire est moissonné selon le protocole OAI-PMH par les Archives de France pour le portail francearchives.fr

La congrégation des sœurs hospitalières de Sainte-Marthe a été fondée à l’hôpital de Beaune en 1459. A partir de 1667, elle va assurer le service de l’hôpital Saint-Jacques de Besançon. En 1697, l’archevêque de Besançon, Pierre Antoine de Grammont, donne de nouvelles constitutions aux sœurs de Saint-Jacques, qui vont désormais former une branche distincte des sœurs hospitalières de Beaune et s’appeler « Filles de Notre-Dame des Sept Douleurs ». Deux autres hôpitaux font alors appel à leurs services : l’hôpital Sainte-Croix de Baume-les-Dames à partir de 1698, l’hôpital Saint-Joseph de Pontarlier à partir de 1700. Le personnel de l’hôpital d’Ornans quant à lui suit la règle des sœurs hospitalières de Sainte-Marthe jusqu’en 1843, date à laquelle les sœurs sont affiliées à celles de l’hôpital Saint-Jacques.
La supérieure des Filles de Notre-Dame-des-Sept-Douleurs, Mère Faivre, est à l’origine de la fondation vers 1860 de l’orphelinat Saint-Vincent de Paul à Saint-Ferjeux. Y sont reçus les enfants assistés, particulièrement les malades et délicats, dont le placement à la campagne n’est pas possible. A partir de 1892, la maison accueille aussi d’autres filles pauvres, la plupart orphelines. Il comprend une école pour les enfants de moins de 13 ans dirigée par une sœur. Suite à la loi du 7 juillet 1904, l’école congréganiste fut transformée en école privée dirigée par une institutrice laïque.