On trouvera ici les versements d'archives effectués par les établissement publics depuis 1940, organisés par thématique puis par nom de service producteur.

Les inventaires sont identifiés par un numéro chronologique de versement, suivi de la lettre W pour ceux composés d'archives papier ou des lettres AE pour ceux composés d'archives électroniques.

Chacun des services figurant dans cette arborescence a effectué au moins un versement pourvu d'un bordereau. Les numéros des versements correspondants et les fichiers informatiques, quand nous en disposons, seront intégrés petit à petit. En attendant, les bordereaux sont tous disponibles en salle de lecture.

La Chambre régionale des comptes (CRC) de Franche-Comté a été créée, comme dans les autres régions, en application de l'article 84 de la loi du 2 mars 1982 relative aux droits et libertés des communes, départements et régions. Il s'agissait de rapprocher le contrôle des comptes publics, jusqu'alors effectué par la Cour des comptes, des organismes contrôlés dans le sillage de la décentralisation. Elle a fonctionné à partir d'avril 1983 (premiers jugements et contrôles budgétaires en 1985), ayant son siège à Besançon, d'abord dans des locaux provisoires (Centre Saint Pierre, gare routière), puis à compter de 1987 dans la cité administrative Sarrail, et jusqu'en avril 2012. Après cette date, son activité est transférée à la CRC de Bourgogne et Franche-Comté, siégeant à Dijon.

La Chambre régionale des comptes est chargée du contrôle juridictionnel des comptes des collectivités et établissements publics de son ressort territorial, de l'examen de leur gestion, et assiste également la préfecture dans son activité de contrôle budgétaire. Elle exerce ainsi au plan local et régional une fonction similaire à celle que remplit la Cour des comptes vis-à-vis des administrations et organismes d'Etat.

Le contrôle juridictionnel des comptes et l'examen de gestion

Le déclenchement d'un contrôle juridictionnel donne lieu à l'établissement d'un rapport d'examen des comptes (nommé rapport d'instruction jusqu'en 2008), auquel correspond un dossier-liasse-rapport (DLR), soit un dossier de pièces justificatives à l'appui du rapport.

Une réforme a sensiblement modifié la procédure à partir de 2009. Auparavant le rapport était examiné en audience et donnait lieu à un jugement provisoire, auquel l'ordonnateur de la collectivité concernée avait la possibilité d'apporter une réponse écrite ; s'ensuivait la rédaction d'un second rapport et la tenue d'une seconde audience formulant un jugement définitif. S'il y a lieu de sanctionner négativement la tenue des comptes de la structure, le jugement peut mettre eu débet le comptable public, « responsable sur ses propres deniers ». Désormais, si le rapport ne formule aucune réserve concernant les comptes examinés, la Chambre rend une ordonnance de décharge sans tenir audience. Dans le cas contraire, une audience a lieu ; soit aucune charge n'est retenue et elle conduit à une ordonnance de décharge ; soit un jugement est rendu, assorti d'un éventuel débet.

Certaines entités relèvent en principe d'une procédure distincte de vérification comptable appelée apurement administratif, effectuée par la Direction départementale des finances publiques (par le trésorier-payeur-général jusqu'en 2008). Il s'agit des communes en deçà de certains seuils (actuellement : 3 500 habitants et un million d'euros de budget pour l'exercice 2012 ; 5 000 hab. et 3M€ pour les exercices ultérieurs), de leurs établissements publics, des EPCI dans des conditions similaires (5 000 hab. et 2 M€ pour l'exercice 2012 ; 10 000 hab. et 5 M€ pour les exercices ultérieurs), ainsi que des associations syndicales autorisées ou constituées d'office, des associations foncières de remembrement et de leurs unions, et des établissements publics locaux d'enseignement, à compter de l'exercice 2012, dont les ressources sont inférieures à 3 M€. La DDFiP prend un arrêté de décharge (définitif) si les comptes sont en ordre, un arrêté de charges provisoires dans le cas contraire, transmis à la CRC qui le confirme ou l'annule. La CRC dispose en outre d'un droit d'évocation pour les comptes non apurés ou apurés depuis moins de 6 mois, qui lui permet de se substituer aux comptables supérieurs ; elle juge enfin les éventuels recours contre leurs arrêtés ; et est seule compétente pour juger les cas de gestion comptable de fait (depuis une réforme de 1988). Par ailleurs, depuis 2005, deux Pôles interrégionaux d'apurement administratif (Rennes et Toulouse) instruisaient les dossiers et rédigent les arrêtés de décharge et de charge provisoire à prendre par les DDFiP. En 2018, le pôle de Rennes est devenu national et celui de Toulouse a été supprimé.

Les comptes des organismes non contrôlés sont éliminés directement par la Chambre régionale des comptes à l'issue de leur durée d'utilité administrative.

L'examen de gestion est également mené à l'initiative de la CRC, mais cette mission est d'ordre facultatif, quoiqu'elle se soit considérablement développée au fil du temps. Ce n'est plus l'activité du comptable public, mais bien celle de l'ordonnateur, qui est examinée, du point de vue de son efficience au plan financier, sans considération sur l'opportunité des dépenses. Ne s'agissant pas d'une procédure juridictionnelle, elle n'entraîne pas le déclenchement de poursuites, et se clos par la transmission des observations de la Chambre à l'ordonnateur intéressé.

L'examen de la gestion est dans la plupart des cas concomitant du contrôle juridictionnel, et initialement les deux procédures se confondaient dans un seul et même rapport, assorti d'un dossier-liasse-rapport unique. L'arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme « Martinie contre France », du 12 avril 2006, a imposé qu'elles soient dissociées, en vertu du droit à la publicité et à l'équité des décisions de justice. Depuis lors, on trouve donc deux rapports et deux DLR distincts, bien que ceux-ci ne soient pas toujours explicitement distingués dans les instruments de recherche.

Les DLR versés couvrent l'intégralité de la période d'activité de la Chambre régionale des comptes de Franche-Comté, soit 1985 à 2012. Ils comportent toujours à minima un dossier dit de « pièces générales » : les comptes (compte administratif ou financier selon la structure, compte de gestion) et budgets annuels (budget primitif et décisions modificatives) de la collectivité contrôlée, éventuellement accompagnés de pièces budgétaires complémentaires (balances des comptes, état des restes à payer ou à recouvrer). Ils peuvent également comporter systématiquement dans le cas d'un examen de gestion, ponctuellement lors des contrôles juridictionnels un ou plusieurs dossiers relatifs à un aspect de l'activité de la structure ou à un poste budgétaire (gestion du personnel, opération immobilières, relations institutionnelles par exemple) sur lequel la CRC s'attarde en particulier. Il peut s'agir de pièces justificatives « brutes » (bulletins de salaire et contrats de travail pour le cas du personnel), ou bien de documents résultant d'un travail d'analyse (rapport d'audit, bilan d'activité, projet de service par exemple). Enfin, il est fréquent que les dossiers comportent également des pièces de procédures, parfois limitées au courrier notifiant l'ouverture du contrôle.

En règle générale, au sein d'un même DLR, les « pièces générales » précèdent les « pièces particulières », les pièces de procédure pouvant figurer en début, milieu ou fin de classement, constituant un dossier à part ou bien insérées dans l'un des autres dossiers. Les questionnaires et demandes de pièces adressées par la CRC, ainsi que les réponses obtenues, sont classés tantôt  avec les pièces de procédure, tantôt dans le dossier thématique auxquels ils ont trait. On notera au surplus que dans de nombreux cas cet ordre sommaire n'est pas respecté, les dossiers ayant été mis en boite en fonction de leur volume. Il en va de même pour l'ordre chronologique des comptes et budgets.

Chaque dossier se voit attribuer un numéro, assorti de la lettre J pour jugement, R pour rapport (dans le cas d'un examen de gestion), ou encore O pour ordonnance (à partir de 2009, désigne un jugement « blanc », c'est-à-dire sans qu'aucune charge ne soit retenue). Toutefois, les pièces à l'appui d'un rapport d'examen de gestion figurent le plus souvent sous un numéro de dossier assorti de la lettre J, lorsque la collectivité concernée fait également l'objet d'un contrôle juridictionnel. C'est le cas y compris après 2006 : aux deux procédures correspondent bien deux DLR distincts, mais placés à la suite l'un de l'autre sous un seul et même numéro de jugement, sans que les bordereaux de versement ne l'indiquent. D'autre part, les deux premiers chiffres du numéro de dossier indiquent l'année, les quatre suivants le numéro d'ordre.

Les bordereaux de versement de DLR issus des contrôles antérieurs à 1999 ont été réécrits pour y faire figurer le nom des collectivités et établissements contrôlés.

Les versements de la Chambre régionale des comptes ont fait l'objet d'une réévaluation en 2019. Ont été éliminés dans leur intégralité les dossiers du contrôle des grandes collectivités dotées d'un service d'archives (Conseil régional, conseils départementaux, communes de Belfort, Besançon, Héricourt, Lure, Montbéliard, Pontarlier, Saint-Claude, Vesoul et leurs communautés d'agglomération ; ainsi que la communauté de communes du Val de Gray) ; de même que les comptes et budgets des établissements d'enseignement secondaire, déjà conservés par ailleurs ; ainsi que ceux de structures dont ces documents n'éclairent pas l'activité : associations foncières, associations syndicales autorisées, syndicats intercommunaux de gestion d'un collège.  Ont en outre été éliminés certains dossiers de pièces justificatives dénués d'intérêt historique, essentiellement des éléments de comptabilité, par ailleurs récapitulés dans les comptes et budgets.

Les minutes, rapports et avis de la CRC sont immédiatement et librement communicables, de même que les dossiers de procédure des contrôles budgétaires.

Le code du patrimoine, renvoyant à l'art. L311-5 code des relations entre le public et l'administration, qui renvoie lui-même à l'art L214-4 du code des juridictions financières, prévoit un délai de 25 ans pour les documents d'instruction et les communications provisoires de la chambre régionale des comptes. Cela concerne les Dossiers-liasse-rapport des procédures de jugement des comptes. Toutefois ces dossiers peuvent contenir des éléments nominatifs relatifs à la rémunération du personnel, pour lesquels le code du patrimoine prévoit un délai de 50 ans au titre de la protection du secret de la vie privée. La vérification des délais de communicabilité sera effectuée par le personnel des Archives.

Y a-t-il lieu de prévoir en conséquence un délai de 25 ans pour les DLR, quelle que soit la procédure, sous réserve de vérification de l'absence de données relatives à la vie privée, et si de telles informations étaient présentes de porter ce délai à 50 ans ?

Circulaire n°DGP/SIAF/2010/018 relative au traitement et à la conservation des archives des chambres régionales et territoriales des comptes, mise en ligne sur le site du Service interministériel des archives de France, URL : https://francearchives.fr/file/748953bf1df647cf660f3453ea438a4e8910a08d/static_4207.pdf (consulté le 25 juillet 2025)

Roberto Schmidt, La chambre régionale des comptes de Franche-Comté (1982-2012), 2016, version non publiée mise en ligne sur le site de la Cour des comptes, URL : https://www.ccomptes.fr/sites/default/files/2017-08/Histoire_CRC_Franche-Comte_1982-2012.pdf (consulté le 25 juillet 2025)

Exposition virtuelle sur la CRC de Bourgogne, organisée avec les Archives départementales de Côte d'Or à l'occasion du Bicentenaire de la Cour des comptes et du 25e anniversaire des CRC, 2007, URL : http://www.archinoe.net/console/exposition/exposition_virtuelle.php?id=119&p=01_noir&page=1&cp=1 (consulté le 25 juillet 2025)

Site internet de la CRC de Bourgogne-Franche-Comté, URL : https://www.ccomptes.fr/fr/crc-bourgogne-franche-comte (consulté le 25 juillet 2025)