On trouvera ici les versements d'archives effectués par les établissement publics depuis 1940, organisés par thématique puis par nom de service producteur.

Les inventaires sont identifiés par un numéro chronologique de versement, suivi de la lettre W pour ceux composés d'archives papier ou des lettres AE pour ceux composés d'archives électroniques.

Chacun des services figurant dans cette arborescence a effectué au moins un versement pourvu d'un bordereau. Les numéros des versements correspondants et les fichiers informatiques, quand nous en disposons, seront intégrés petit à petit. En attendant, les bordereaux sont tous disponibles en salle de lecture.

A compter du 1er juillet 2009, cette direction fusionne avec la direction départementale de l'agriculture et de la forêt (DDAF). La nouvelle entité ainsi créée prend provisoirement le nom de direction départementale de l'Équipement et de l'agriculture (DDEA), avant de devenir direction départementale des territoires (DDT), à compter du 1er janvier 2010.

Les implantations territoriales sont un nouvel échelon administratif créé à compter du 1er avril 2007, en remplacement des subdivisions alors supprimées dont les ressorts territoriaux furent répartis entre les nouvelles structures au nombre de 3 : implantations territoriales de Besançon, de Montbéliard et de Pontarlier.

Pour les versements précédents réalisés par chacune des subdivisions, voir dans "subdivisions", dans la partie "services déconcentrés".

Le ressort de l'implantation territoriale de Besançon comprend les ressorts territoriaux des anciennes subdivisions de Besançon est, de Besançon ouest, d'Ornans, de Valdahon et d'une partie de celui de Baume-les-Dames (l'autre partie est intégrée à l'implantation territoriale de Montbéliard).