Le fonds 94W, versé par la 1ère division, renferme essentiellement des pièces envoyées au Cabinet du Préfet ou rassemblées par ce dernier et ayant trait à la recherche et à la répression de la collaboration et des crimes de guerre. Beaucoup de documents émanent ou traitent des divers organismes temporaires mis en place à fin d'épurer administrations, entreprises, collectivités locales ; d'autres ont été établis par des services pendant la guerre et ont servi à connaître ou reconstituer des faits survenus pendant cette période lors des enquêtes d'après-guerre (ainsi les rapports de police, des organigrammes des services allemands dans le Doubs) ; certains enfin sont des listes reconstituées après guerre également à but de recherche et d'établissement de rapports.

Retraitement du fonds en 1996.

Versement du 17 janvier 1956.

Répression de la collaboration et des crimes de guerre.

Le cadre de classement adopté est le suivant :
Textes officiels ;
Epuration : mise en place des commissions, police économique, cour de justice et chambres civiques (organisation, convocations du jury, audiences), comité départemental de Libération, comités cantonaux de Libération, conseil central de la Renaissance française, recherche des personnes pour faits de collaboration et profits illicites, jugements ,internement administratif, séquestres et comptes bloqués ;
Recherche et répressions des crimes de guerre : organisation territoriale allemande dans le Doubs pendant l'Occupation, activité des services de police et de la gendarmerie pendant et après la guerre ; crimes de guerre contre la Résistance, la population, l'économie ;
Dossiers se rapportant à l'après-guerre : manifestations et cérémonies, relations avec les Alliés, affaires diverses, dossiers des personnes jugées pour faits de collaboration

8W, 1409W ainsi que les dossiers des cours de Justice 1464W et 342W, les minutes des jugements 1054W43-1054W45.