Le département du Doubs, créé en 1790, comprenait à l'origine 4 arrondissements : Besançon, Baume-les-Dames, Pontarlier, Saint-Hippolyte. En 1815, les territoires de l'ancienne Principauté de Montbéliard sont rattachés au Doubs et intègrent l'arrondissement de Saint-Hippolyte, dont le chef-lieu passe à Montbéliard.

L'arrondissement de Baume-les-Dames, supprimé en 1926, comprenait les cantons de Baume-les-Dames, Clerval, L'Isles-sur-le-Doubs, Pierrefontaine-lès-Varans, Rougemont, Roulans et Vercel-Villedieu-le-Camp.

L'arrondissement de Saint-Hippolyte comprenait les cantons de Blamont, Maîche, Pont-de-Roide, Le Russey et Saint-Hippolyte.

La série Z regroupe en principe les dossiers produits par les sous-préfectures.

Elle est divisée en trois sous-séries dont une non règlementaire (3Z), dédiée à des archives relatives à la partie actuelle du Doubs relevant de l'arrondissement de Porrentruy (département du Haut-Rhin) entre 1800 et 1815.

Sur les arrondissements ayant existé dans le Doubs, seuls les fonds de Montbéliard (1Z) et Pontarlier (2Z) sont distingués. L'arrondissement de Saint-Hippolyte n'a laissé presque aucune trace.

On trouvera donc principalement dans la série Z des informations sur les communes des arrondissements de Montbéliard et de Pontarlier : travaux publics (adjudications notamment), élections, ravitaillement, etc.

On trouvera en série K la correspondance et les arrêtés des sous-préfets pour l'ensemble des sous-préfectures, en particulier ceux de l'arrondissement de Saint-Hippolyte classés avec celui de Montbéliard.

Les archives des arrondissements de Baume-les-Dames et Besançon (administré directement par la Préfecture, comme tous les arrondissements chefs-lieux de département) ont été réparties dans différentes séries modernes (M, N, O).