Transport et admission des contagieux, rapport du docteur Péchaud : délibération municipale (1899). Modification de l’organisation des services : rapport, avis du directeur de l’école de médecine, extrait de procès-verbal de l’assemblée des professeurs de l’école de médecine, avec vœu concernant le concours d’internat, correspondance, observations présentées par le docteur Gautheron (1901), comptes rendus de réunions de la commission administrative avec les médecins et chirurgiens de l’hôpital (1909). Réorganisation, projets : propositions du docteur Chaton, procès-verbal de la réunion des médecins de l’hôpital (1930), propositions du secrétaire général et avis du directeur régional de la Santé et de l’Assistance (1943), exposé du directeur des HCR de Besançon, chronologie et présentation de différents projets de novembre 1942 à décembre 1945 (1945). Transformation, projet : notice sur l’établissement (1948). Description de l’établissement : note (1953).

Les modifications envisagées en 1901 portent sur les trois points suivants : dédoublement des services médical et chirurgical, création de services de spécialités, création d’un service de consultations. La notice de 1948 débute par un rapide historique de l’établissement et se poursuit par sa description en 1948 (nombre de lits, liste des services, liste du personnel médical, équipement, liste des administrateurs, état numérique du personnel par fonctions, prix de journée, budget, etc.).