A compter du 2 mars 1959, suite à la réforme de l'organisation judiciaire, les justices de paix furent remplacés par les tribunaux d'instance tandis que les greffes étaient maintenus jusqu'à la cessation d'activité de leur titulaire, aussi les fonds antérieurs à cette date seront progressivement réintégrés en soussérie 4 U au fur et à mesure de leur classement définitif.
En février 2005, les dossiers de procédure des contraventions de 5ème classe des années 1970 à 1973 (cotes 1184 W 87 à 129) ont été éliminés conformément à la circulaire AD 94.9 du 12 septembre 1994, qui prévoyait une durée d'utilité administrative de 30 ans. L'année 1969 de référence (cotes 1184 W 82 à 86) a fait l'objet d'un tri. A partir de l'année 1974 (cote 1184 W 130 et suivantes) en application de la nouvelle circulaire du 10 septembre 2003, il a été conservé une sélection d'environ 60 dossiers par an, correspondant à l'échantillonnage prévu pour une juridiction traitant de 60 à 600 procédures par an, ce qui est le cas du tribunal d'instance de Besançon.
En août 2010, certaines cotes ont été éliminées et reclassées en 4U5 (justice de paix de Besançon Nord) et en 4U6 (justice de paix de Besançon Sud).

Versement du 17 octobre 1988, retraité en septembre 2000 et en février 2005.

Par sections de greffe

Cet inventaire est moissonné selon le protocole OAI-PMH par les Archives de France pour le portail francearchives.fr