On a vu que l'Université de Dole fut transférée à Besançon en 1691. Mais la ville de Besançon avait, paraît-il, dès le début du XVe siècle, fait des démarches pour avoir une Université dans ses murs (dès 1407 auprès de Jean sans Peur ?). En 1450, elle obtint des bulles d'érection pour un studium générale. Mais malgré des ambassades et des présents auprès des souverains de la Comté, jamais l'Université n'eut une existence effective : en vain Louis XI ordonna le transfert à Besançon, 1481 ; cette mesure fut rapportée par Charles VIII en 1484. Il en fut de même au siècle suivant ; Nicolas V, Pie V et l'Empereur Ferdinand Ier autorisèrent et révoquèrent l'ouverture d'une Université. La Municipalité, entre temps, essayait de faire venir Cujas et Baudouin.

Nouvelles tentatives et nouvelles promesses en 1654 au moment où Besançon fut échangé contre Frankenthal, et réclamations réitérées en 1668 après la restitution de la Comté par Louis XIV. Si les lettres patentes de 1691 (1) réalisèrent les vœux longtemps inexaucés de la Ville, la création d'une faculté de droit à Dijon en 1723, âprement combattue, porta un coup redoutable aux chaires bisontines. A la veille de la Révolution, elles comptaient peu d'auditeurs. La faculté des arts, du reste, n'avait jamais existé. Le décret du 15 septembre 1793 acheva l'agonie de l'Université. Après les essais de l'Ecole centrale, l'Enseignement supérieur ne fut reconstitué que par le décret de 1808 sur l'Université impériale. Besançon donna 150.000 livres à la caisse des fortifications pour avoir l'Université. Elle s'installa dans le couvent des Grands Carmes.

Il convient de consulter également les documents provenant du chapitre et versés en 1907 aux Archives départementales (voir état publié dans rapport au Conseil Général, 1907).

ESTIGNARD (A.), La Faculté de droit et l'Ecole centrale à Besançon. Paris. J.-B. Dumoulin. Besançon, J. Jacquin, 1867 in-8°.

PINGAUD (L.), L'Instruction publique à Besançon en 1789 S. E. D. 1887, p. 206-225.

DR CHAPOY, L'Ecole de médecine et de pharmacie ; ses origines et ses vicissitudes, sa réorganisation. S. E. D. 1890, v. 40, p. 228 et ss.

ROBERT (Ulysse), L'Enseignement à Besançon jusqu'à la fin du XVIe siècle. Besançon, 1899. Imprimerie du « Progrès français ».

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