Les institutions judiciaires dont les archives sont classées en série B n'étaient pas que des cours de justice. Elles avaient un rôle de publication des lois et assumaient l'enregistrement de formalités civiles. Elles avaient également des pouvoirs d'administration, leurs décisions ayant force de règlement dans toutes sortes de domaines.

Table des testaments publiés devant les bailliages et les justices seigneuriales : disponible uniquement en salle de lecture.

En 1676, lors du rattachement définitif de la Franche-Comté à la France, un parlement fut rétabli, mais transféré de Dole à Besançon. L'institution y perdit ses prérogatives politiques mais conserva quelques compétences administratives, en particulier l'enregistrement des lois et règlements royaux.

Fichier manuel dactylographié : disponible uniquement en salle de lecture.

Table onomastique : voir l'inventaire