La série R est composée des documents produits par la préfecture du Doubs de 1800 à 1940, dans ses rapports avec les autorités militaires.

Font exception du point de vue de l’origine les registres matricules (sous-série 1R), tenus par l’armée, conservés de nos jours au Bureau central des archives administratives militaires de Pau, et peu à peu distribués dans les dépôts des Archives départementales.

Des dix sous-séries qui composent réglementairement la série R, seule la sous-série 7R, Marine et garde-côtes, n’est pas représentée aux Archives du Doubs.

Pour les autres, elles s’organisent en quatre grandes catégories :
-Formation militaire et recrutement (sous série 1R) : cette sous-série est la seule qui reste ouverte, afin d’accueillir progressivement les registres matricules déposés par le centre de Pau.
-Organisation de l’armée (sous-série 2R) : c’est la plus volumineuse et la plus éclectique. On y trouvera aussi bien des documents relatifs aux bâtiments militaires et aux fortifications qu’aux subsistances, aux pigeons voyageurs ou à la justice.
-Corps militaires ou assimilés (sous-séries 4 à 6R) : garde nationale, gendarmerie, sapeurs-pompiers, etc.
- Conflits du XIXe siècle et du XXe, jusqu’à 1940 (sous-séries 3R et 8 à 10R) : occupation du territoire, réquisitions, anciens combattants, prisonniers ennemis, dommages, organismes de temps de guerre, etc.

Il s’y ajoute, aux Archives du Doubs, un fonds de plans du génie militaire (sous-série 12J), qui trouvera ultérieurement sa place dans la série R.