Cette section de la bibliothèque accueille depuis la fin du XIXe siècle des manuscrits de toute provenance acquis par les Archives départementales et ne trouvant pas place dans les différentes séries des Archives départementales alors réglementaires. Désormais, les documents de cet ordre sont cotés en brochures (BC) ou 1J (pièces éparses) arrivées par don.

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Le catalogue complet est disponible uniquement en salle de lecture.

Une partie imprimée est consultable dans le catalogue collectif de France (CCFR) de la BNF : voir le fichier en ligne

Les documents rassemblés dans cette section concernent pour beaucoup l'histoire religieuse, mais aussi militaire de l'ensemble de la Franche-Comté. Un certain nombre de documents ne concernent toutefois en rien la région. Comme tous les manuscrits de bibliothèque, ils sont très hétérogènes : mémoires, notices historiques, relations, notes diverses, copies d'actes, mélanges, recettes, monographies locales, chroniques, traités, etc. À noter quelques mélanges littéraires (ex : Ms 148, Ms 150), quelques cartes et plans dont la fameuse vue cavalière de la frontière entre le comté de Bourgogne et le pays de Vaud et Berne datant du XVIe siècle (Ms 245).