Victimes des bombardements de Sochaux et Besançon (15-16 juillet 1943) : correspondance, listes nominatives (1943) ; victimes des combats de Besançon et de la région : liste nominative (septembre 1944). Réfugiés de la région parisienne et d’autres régions : listes nominatives des enfants et des adultes admis à l’hôpital (1943-1945) ; rapport sur la fugue de deux enfants réfugiés (1943) ; réclamation de la fille d’une réfugiée décédée : correspondance, inventaire après décès (1945). Malades d’origine juive, instructions : lettre du directeur de l’hôpital au préfet, notification du commissaire de police (1944). Malades évacués des formations sanitaires de la côte méditerranéenne, mesures à prendre (mars 1944) ; malades de l’établissement de cure héliomarine de Hyères replié aux Salins de Bregille, autorisation d’admission (mai 1944). Personnes amenées par des groupes de Résistance : notes nominatives rédigées au crayon (1944). Prisonniers de guerre et déportés politiques, réglementation (1945-1946), liste nominative (1945) ; établissement d’un plan pour leur retour : correspondance, tableau des lits disponibles (mars 1945).

Les listes nominatives des réfugiés donnent les noms, prénoms, dates d’admission dans le département, noms des communes d’accueil, adresses d’origine, et, parfois, le nom des personnes qui les accueillent. La liste nominative des déportés est un brouillon rédigé au crayon ; elle comprend 16 noms ; elle donne les noms et prénoms, la commune ou le pays d’origine, le nom du camp d’internement.